Los niños del orfanato Grace Field House viven una vida feliz y pacífica gracias a los cuidados y el cariño que les brinda Mamá, la única adulta del lugar. Ahí viven unos 40 niños y bebés que ella alimenta, educa, cuida como si fueran una gran familia y prepara para la vida afuera del orfanato una vez que los adopten. Las únicas condiciones: seguir las reglas y jamás de los jamases atravesar el muro que separa el enorme terreno del resto del mundo. Emma, Norman y Ray son los tres más grandes, inteligentes y despiertos de los chicos que hay en el lugar, pero poco antes de que les toque partir, descubren un espeluznante secreto sobre qué les espera una vez que crucen la puerta. ¿Qué son los abominables monstruos que los esperan del otro lado? ¿Por qué los educan y alimentan tan bien si su destino es así de tremendo? ¿Habrá notado la maquiavélica Mamá que los chicos descubrieron la verdad? ¿Qué año es, en qué parte del mundo están, de dónde vienen? y lo más importante: ¿cómo podrán salir de ahí llevando a los hermanitos bebés y nenes que no pueden valerse por sí mismos? Todas estas intrigas y muchas más se despliegan a lo largo de este manga lleno de misterio y duelos de intelecto al mejor estilo Death Note, en un futuro incierto y desconocido donde los hermanos han de ser unidos, o si no, literalmente los devoran los de afuera.
La historia se centra en Light Yagami, uno de los mejores estudiantes de todo Japón que lleva una vida demasiado aburrida para sus estándares, y que juzga al mundo por estar podrido. Todo cambia radicalmente cuando se topa con un cuaderno (el que da nombre a la serie) que confiere poderes sobrenaturales a su portador: si se escribe el nombre de una persona y se visualiza mentalmente su rostro, esta morirá en la forma deseada (o de un ataque al corazón si no se especifica). Cuando Light confirma que es cierto, decide utilizarlo para matar a todo aquel que está corrompiendo al mundo, para liberarlo de toda maldad. Pronto descubrirtá el origen del cuaderno, quién era su anterior portador, y la trama de consecuencias que sus acciones desencadenarán. Por ejemplo, la aparición de L, un detective decidido a atraparlo y descubrir su verdadera identidad.