El protagonista es un chico de doce años de espíritu inquieto llamado Gon Freecss. Tras enterarse de que su papá no había muerto y que lo dejó al cuidado de su Tía Mito cuando era un bebé, Gon sueña con poder dar con él y con seguir sus pasos convirtiéndose en Hunter. Los Hunters son personas acreditadas y autorizadas para cazar objetos valiosos y difíciles de conseguir, tesoros, bestias exóticas e incluso a otras personas. A medida que avanza la historia, Gon se hace amigo de otros tres aspirantes a Hunter: Leorio, Kurapika y Killua, quienes lo acompañarán en sus aventuras.