Komaru Naegi —hermana de Makoto, protagonista de la primera saga— lleva un año secuestrada sin saber nada de su familia ni de quién la tiene en cautiverio. Cuando finalmente logra escapar, descubre la horrible realidad: la ciudad ha sido tomada por un ejército de Monokumas controlados por un grupo de chicos conocidos como “Los Guerreros de la Esperanza”. Para empeorar las cosas, Komaru cae en un retorcido juego de supervivencia en el que los niños cazan adultos. Pero justo cuando todo parece perdido, es rescatada por Touko Fukawa, una vieja conocida de la saga. Ahora, juntas, deberán abrirse camino y escapar de esta desesperante situación. Sin embargo, todo se complicará aún más cuando la segunda y retorcida personalidad de Touko, Genocider Syo, despierte… ¿Podrán estas dos jóvenes colaborar y salir con vida de esta nueva pesadilla?