Todo comienza cuando a Madoka Kaname una chica de 14 años rodeada de grandes amigas y una buena familia, le ofrecen cumplir un deseo (el que sea!) a cambio de convertirse en una (chica mágica) que luche contra poderosas brujas que causan enfermedades, accidentes y suicidios en la gente., con el transcurso de la trama se irán revelando las verdaderas y siniestras consecuencias de convertirse en una chica mágica, y por qué la misteriosa chica Homura Akemi quiere impedir que kaname se convierta en una