En The Ghost in the Shell, Motoko Kusanagi se unió a una forma de vida autoproclamada inteligente y abandonó la Sección 9 de Seguridad Pública. Llega la esperada secuela, la obra más compleja y ambiciosa de Masamune, con una exploración profunda de la flosofía y el sentido de la vida artifcial, la inteligencia y la existencia.