Kon, un estudiante de secundaria, vive en un mundo con fenómenos excepcionales periódicos, más comúnmente conocidos como "bugs". Como asistente no oficial de su casera Kasane Himesaki, una destacada investigadora en el campo, estudian los efectos y el impacto de estas misteriosas anomalías. Algunos les traen diversión, otros les intrigan y otros les causan inconvenientes en su vida diaria, pero una cosa es segura: en un mundo como el de ellos, ¡cada mañana puede traerles una nueva sorpresa!